Los fundadores de la UNACAD son la Licda. Matilde Isabel Sampson Martínez, el Lic. Juan Alegría Guerrero, el Lic. Mario Alegría Guerrero, El Dr. Jorge Alberto Sampson Martínez, La Licda. Nubia Blanco Sampson y el Lic. Jaime Torres Valle. Ellos actualmente, integran la Junta directiva de la Universidad.
La UNACAD nació como un instituto técnico en el año 1991 con dos carreras a nivel técnico medio: Operaciones Aduaneras y Administración de Aduanas. En el año 1997, se abrió el campus Somoto, en el departamento de Madríz. En 1999 el campus de Chinandega y en el año 2000 el campus de Rivas. En el mes de Julio del año 2005 se inauguró el campus de Bluefields en la Costa Atlántica.
